根據最新信息《Journal Of Molecular Modeling》期刊在JCR分區中的排名如下：
學科分類：BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY(生化與分子生物學)
| 按JIF指標學科分區 | 收錄子集 | 分區 | 排名 | 百分位 |
| 學科：BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY | SCIE | Q4 | 243 / 313 |
22.5% |
| 學科：BIOPHYSICS | SCIE | Q3 | 52 / 77 |
33.1% |
| 學科：CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY | SCIE | Q3 | 129 / 230 |
44.1% |
| 學科：COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS | SCIE | Q3 | 101 / 169 |
40.5% |
| 按JCI指標學科分區 | 收錄子集 | 分區 | 排名 | 百分位 |
| 學科：BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY | SCIE | Q4 | 246 / 313 |
21.57% |
| 學科：BIOPHYSICS | SCIE | Q3 | 55 / 77 |
29.22% |
| 學科：CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY | SCIE | Q2 | 115 / 231 |
50.43% |
| 學科：COMPUTER SCIENCE, INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS | SCIE | Q3 | 116 / 169 |
31.66% |
這表明該刊在生化與分子生物學領域具有較高的學術影響力和認可度。此外，該刊創刊時間：1995年，影響因子：2.1，出版周期：Irregular、出版商：Springer Berlin Heidelberg以及收錄情況等信息也為其學術影響力提供了有力支持。
影響因子：是湯森路透(Thomson Reuters)出品的期刊引證報告(Journal Citation Reports,JCR)中的一項數據，現已成為國際上通用的期刊評價指標，不僅是一種測度期刊有用性和顯示度的指標，而且也是測度期刊的學術水平，乃至論文質量的重要指標。
